Des chercheurs américains et asiatiques ont isolé un nouveau coronavirus issu du chien chez des patients atteints de pneumonie en Malaisie. C’est potentiellement le huitième coronavirus à avoir traversé la barrière des espèces pour infecter l’homme. Mais pour le moment, ce coronavirus canin recombinant ne présente pas de risque pandémique. 

Des scientifiques ont récemment révélé la découverte d’un nouveau coronavirus qui peut se transmettre des chiens aux humains. Le virus a été découvert chez un jeune patient atteint de pneumonie, en Malaisie. Le cas remonte à 2018, mais le virus n’a été identifié que récemment. Les échantillons nasopharyngés issus de 300 patients hospitalisés cette année-là pour une pneumonie à Sarawak ont été passés au crible. Chez huit d’entre eux, dont sept enfants, les chercheurs ont retrouvé les traces d’un coronavirus de chien et chez le jeune patient en question, le virus isolé s’est révélé capable de provoquer une infection in vitro en présence de ces cellules canines.

Il s’agirait d’un nouvel alphacoronavirus, surnommé CCoV-HuPn-2018. Premier coronavirus canin retrouvé chez l’homme, il vient compléter la liste des coronavirus pathogènes pour l’espèce humaine. Cependant, il reste encore à démontrer que ce nouveau virus est réellement à l’origine de la pneumonie observée chez les huit enfants porteurs. Au total, sept autres coronavirus sont à l’origine de maladies plus ou moins sévères chez l’homme. Les alphacoronavirus HCoV-229E et HCoV-NL63 provoquent des rhumes légers, tout comme les bêtacoronavirus HCoV-OC43 et le HCoV-HKU1. En revanche, les Sars-CoV, Mers-CoV et le fameux Sars-CoV-2 sont des bêtacoronavirus beaucoup plus virulents. La plupart sont proches de souches isolées chez la chauve-souris, qui constitue un véritable réservoir pour les coronavirus. Il est donc surprenant que le dernier virus découvert par les chercheurs soit un coronavirus canin entérique (CCoV), qui affecte normalement uniquement les chiens, entraînant des vomissements, de la fièvre et des diarrhées.

« On a d’abord cru à une contamination extérieure », explique au New York Times Gregory Gray, infectiologue à l’université de Duke et coauteur de l’étude. Il n’existe en effet aucune preuve directe permettant de conclure que le virus a été transmis à l’homme par des chiens. Mais d’après le séquençage génétique, il s’agit de la voie de transmission la plus probable. Il reste également une possibilité qu’il y ait eu un hôte intermédiaire, probablement le chat. En effet, le CCoV-HuPn-2018 provient d’une recombinaison entre deux souches de coronavirus canins, avec des fragments de coronavirus de chat et de porc. Le séquençage du virus a aussi révélé une spécificité propre au virus canin : il contient une mutation délétère qui est absente de tous les autres coronavirus canins, mais présente chez les coronavirus humains. Cette suppression de 36 nt (12 aa) entraîne des changements dramatiques dans la localisation cellulaire du virus peu de temps après sa transmission zoonotique. La mutation aide le virus canin à persister à l’intérieur du corps humain et pourrait constituer une étape nécessaire dans sa transmission à l’homme. On la retrouve notamment chez les coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (Sars et Sars-Cov-2).

Pour le moment, le nouveau coronavirus canin recombinant ne suscite pas d’inquiétudes. Il n’existe à ce jour aucune preuve qu’il soit transmissible d’homme à homme, ni même qu’il soit réellement à l’origine de la pneumonie observée. Il met toutefois en évidence la vulnérabilité des populations humaines face à l’émergence de nouveaux agents pathogènes, que ce soit au contact de la faune sauvage ou des espèces animales domestiques. « Il est probable que de nombreux virus animaux cohabitent chez l’homme et l’animal, mais on ne les a jamais détectés », confirme Xuming Zhang, virologue à l’université de l’Arkansas. Néanmoins, il est impossible de tous les surveiller. En avril 2021, des chercheurs ont tout de même établi un classement des virus connus chez l’animal qui sont les plus susceptibles d’être zoonotiques. Mais cela n’empêchera pas la prochaine menace pandémique de provenir de souches complètement inconnues…