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Covid-19 : comprendre l’infectivité du Sars-CoV-2 chez l’homme et l’animal

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Covid-19 : comprendre l’infectivité du Sars-CoV-2 chez l’homme et l’animal

Le nouveau coronavirus (Sars-CoV-2) s’est répandu comme une traînée de poudre chez les populations humaines à travers le monde. Mais en parallèle, certaines espèces animales se sont également montrées réceptives à la coronavirus disease 2019 (Covid-19). Une nouvelle étude explique l’infectivité du virus qui varie selon les individus et les espèces.

 

Avec plus d’un million de morts à son actif, la pandémie de Covid-19 est la plus mortelle de ces dernières décennies. De nombreuses études s’efforcent de comprendre l’origine du coronavirus Sars-CoV-2, son mode d’action, les facteurs qui influencent sa virulence et, bien entendu, tentent de trouver des solutions préventives et thérapeutiques.

Dans ce contexte, des travaux ont notamment concerné l’infectivité virale chez différentes espèces ou individus. En effet, si à l’origine le Sars-CoV-2 a été transmis à l’homme par la chauve-souris (une théorie qui reste à valider), il peut infecter à différents degrés certains animaux. Ainsi, les chats et les furets peuvent développer la maladie, ainsi que les chiens dans une moindre mesure, tandis que le bovins, les porcs, les poules et les canards, mais aussi les souris et les rats ne sont pas ou peu sensibles à l’infection.

Déterminer le changement de tropisme du virus permettrait d’expliquer ces différences d’infectivité entre espèces. Cela peut à la fois concerner le mécanisme d’entrée du virus dans les cellules cibles de l’hôte, la manière dont le fonctionnement cellulaire est détourné au profit de la réplication virale, l’adaptation traductionnelle des protéines virales ou encore leur capacité à contourner la réponse immunitaire. Le cycle réplicatif est complexe et d’un haut niveau de variabilité.

Des chercheurs se sont penchés sur la première option, le mécanisme d’entrée du Sars-CoV-2 dans les cellules, et la capacité des cellules cibles à traduire le matériel génétique viral, selon les différentes espèces animales et leur variabilité génomique.

Pour amorcer son entrée, le coronavirus doit reconnaître la protéine ACE2 à la surface des cellules cibles grâce à sa protéine de pointe S. L’interaction de la protéine S avec ACE2 est critique pour l’infection virale. Par exemple, en changeant quatre résidus à la surface de l’ACE2 de rats, ils deviennent sensibles à l’infection par le Sars-CoV-2.

Mais il faut aussi qu’une fois le virus à l’intérieur du cytoplasme, l’ARN des particules virales soit correctement traduit. En effet, des différences dans l’utilisation des codons viraux influencent l’efficacité traductionnelle. Le Sars-CoV-2 est notamment particulièrement adapté aux taux d’ARNt, qui reconnaissent les codons viraux des voies respiratoires supérieures et du parenchyme pulmonaire où la charge virale est ainsi plus importante.

Selon les chercheurs, le domaine RBD de la protéine de pointe S de Sars-CoV-2 peut reconnaître l’ACE2 des furets, des civettes, des chats et des chiens, mais pas celui des porcs, des poules, des canards, des souris et des rats. De plus, l’adaptation traductionnelle du Sars-CoV-2 chez l’homme, donc l’efficacité traductionnelle du virus, semble plus forte comparée à d’autres espèces, ce qui expliquerait sa forte infectivité dans les populations humaines.

La combinaison de ces deux facteurs, l’un structurel (entrée du virus) et l’autre fonctionnel (utilisation du matériel viral) permet aux chercheurs d’expliquer en grande partie l’infectivité chez les différentes espèces animales. Parmi celles étudiées, l’homme est la principale espèce chez laquelle le Sars-CoV-2, dont le matériel viral est à la fois utilisé et traduit efficacement, interagit de manière optimale avec l’ACE2.

Cependant, ces propriétés ne tiennent qu’à quelques petites différences génétiques. Des mutations virales spontanées pourraient donc assez rapidement augmenter l’affinité avec le virus et sa stabilité au sein de différents individus et organismes. Une évolution à surveiller de près, étant donné l’apparition de nouvelles souches plus contagieuses dans certaines parties du globe ces derniers mois.

 

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