La récente épidémie de grippe aviaire qui a ravagé l’Inde fin 2020-début 2021 a été marquée par une infection et une mortalité élevées des populations d’oiseaux sauvages. Chaque région du pays concernée s’est empressée d’intensifier la vigilance et les mesures visant à contrôler la propagation de la maladie sur son territoire. Cet épisode met en lumière la nécessité de surveiller proactivement les épidémies en milieu sauvage, de protéger les habitats naturels pour freiner la propagation des maladies et d’approfondir nos connaissances sur l’interface entre la faune sauvage et les animaux domestiques.

L’influenza aviaire est une maladie virale très contagieuse qui touche à la fois les oiseaux domestiques et sauvages. La maladie est présente dans le monde entier, mais différentes souches, plus ou moins mortelles, sont réparties selon les régions du globe. D’après l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), les oiseaux aquatiques sauvages, tels que les oies et les canards, sont les réservoirs naturels des virus de la grippe A à partir desquels des réémergences régulières ont lieu.

L’Inde est devenue un point chaud mondial de la circulation du virus influenza hautement pathogène H5N1. Le pays se trouve au cœur de la voie de migration d’Asie centrale, qui couvre 30 pays et 279 populations de 182 espèces d’oiseaux d’eau. Il fournit à la fois un refuge d’hivernage essentiel à de nombreuses espèces d’oiseaux aquatiques migrateurs et un habitat toute l’année à plusieurs espèces aviaires résidentes, dont des oiseaux d’élevage.

La dernière épidémie de grippe aviaire a touché 14 États indiens à la fin de l’année 2020 et au début de l’année 2021. Elle a été marquée par un taux d’infection élevé et une mortalité importante chez les animaux sauvages. Les souches virales hautement pathogènes H5N1 et H5N8 ont été détectées chez des volailles et des oiseaux sauvages. Au total, 449 271 volailles ont été abattues à la date du 12 février 2021 pour contrôler la propagation de la maladie, conformément au Plan d’action national pour la prévention, le contrôle et le confinement de la grippe aviaire. Cela aurait-il pu être évité ?

Pour être mieux préparé et mieux réagir en cas d’émergence de nouveaux agents pathogènes ou souches virales, les chercheurs proposent de mettre en place une surveillance passive et active toute l’année dans les zones à risque. Pour cela, il faudrait des tests rapides pour confirmer la cause de la mort des oiseaux sauvages. Les virus sont en effet très sensibles à la température. Leur ARN se dégrade très rapidement avec la chaleur. Il faut donc un système simplifié pour analyser les échantillons en temps réel au fur et à mesure de la signalisation des cas, afin d’en déterminer immédiatement la cause et la souche virale.

Cet épisode épidémique met particulièrement en exergue l’importance d’une surveillance proactive pour comprendre la prévalence des virus de l’influenza aviaire et les prévenir, avec des alertes précoces, mais pas seulement. Il existe un besoin urgent de mieux comprendre les interactions du virus avec ses hôtes potentiels et l’environnement. La surveillance de la faune sauvage et de ses relations avec les populations d’animaux d’élevage et l’environnement permettrait de combler les lacunes sur le sujet, qui freinent les politiques de prévention. L’intégration d’un suivi dans le cadre de la démarche “One Health”, qui inclurait le réseau entier de transmission des virus, conduirait à une meilleure compréhension des comportements des virus de la grippe aviaire dans leur globalité, afin de mieux prédire les phénomènes d’émergence.

En effet, si on sait qu’une grande diversité d’espèces et des températures froides de l’eau améliorent la survie des virus dans certaines régions du monde, le rôle des volailles dans la circulation virale en Inde implique que cet agent pathogène y est actif toute l’année, même hors de la saison migratoire. Plus la densité de volailles est importante, plus le risque épidémique l’est également. C’est la preuve que l’interaction entre les volailles et les oiseaux aquatiques sauvages alimente les foyers de H5N1.

L’eau y est également pour quelque chose. Le virus étant éliminé par le tractus intestinal, les plans d’eau peuvent servir de vecteurs de transmission. Le risque épidémique est d’ailleurs le plus élevé dans les exploitations avicoles qui ont accès à des plans d’eau abritant des espèces sauvages, quelle que soit la densité des animaux. Une proximité avec des lacs, des rivières et des zones humides côtières est particulièrement propice à l’émergence de la grippe aviaire dans les élevages.

Ces facteurs sont d’autant plus exacerbés que les zones humides non protégées sont souvent sous la pression constante de l’urbanisation et de la pollution. La grippe aviaire et d’autres maladies zoonotiques sont présentes dans l’environnement, et comme les activités humaines empiètent sur les habitats naturels et les biotopes utilisés par les espèces sauvages, le risque de transmission augmente. Avec la perte d’habitat et l’augmentation du nombre de volailles, la zone tampon entre les oiseaux sauvages et domestiques se réduit, ce qui accroît les interactions et les contaminations. Il est donc essentiel d’impliquer les communautés dans la gestion des zones humides non protégées si on veut espérer limiter les prochaines épidémies d’influenza aviaire.

Tout est interconnecté et lié. Avec ces paramètres en tête, l’étude géographique de certaines régions permettrait notamment de cibler des zones à risque d’émergence pour interrompre le cycle de contamination des virus, par exemple en bloquant l’utilisation mixte des eaux de surface par les volailles domestiques et les espèces sauvages. Dans ce contexte, le réseau “One Health” des interconnexions et des interactions virales apporte des informations clés pour prédire, minimiser et contrôler les épidémies, au bénéfice de la faune, de l’agriculture, de l’environnement, mais aussi de la santé humaine.