La modélisation 3D des récepteurs protéiques qui permettent l’entrée de Sars-CoV-2 dans les différentes cellules animales a permis d’identifier des caractéristiques structurelles uniques qui sont nécessaires à l’infection. Ces connaissances pourraient aider à éclairer le développement de nouveaux médicaments et à prévoir de futures épidémies.

Certains animaux sont plus sensibles à l’infection à Sars-CoV-2 que d’autres. Si l’homme apparaît comme la cible principale du coronavirus, les chats ou les bovins, par exemple, semblent pouvoir être infectés également. À l’inverse, les porcs ou les poules ne seraient pas affectés. Mais comment expliquer une telle différence ?

C’est la question à laquelle des chercheurs de l’université de Stanford, en Californie, ont tenté de répondre. Ils ont cherché à savoir pourquoi certains animaux semblent immunisés contre le Sars-CoV-2 et d’autres non. Dans une nouvelle étude de modélisation en 3D, les scientifiques incriminent les caractéristiques structurelles distinctes d’une protéine qui se trouve à la surface des cellules animales.

Pour en venir à cette conclusion, Rodrigues et ses collègues ont cherché des indices au cours de la première étape de l’infection, lorsque le virus entre en contact et reconnaît les cellules qu’il peut infecter. À ce moment-là, la protéine de pointe de Sras-CoV-2 se lie au récepteur ACE2 à la surface des cellules animales.

En modélisant et en simulant les structures en 3D de ces protéines, les chercheurs ont pu étudier leurs interactions. Le processus a été répété pour différentes espèces animales dans le but de déterminer les différentes affinités, un processus qui s’apparente finalement à essayer de comprendre quels verrous s’activent avec une clé particulière, en l’occurrence la protéine du Sars-CoV-2.

Il est alors devenu évident que certains “verrous” ACE2 d’animaux sont plus compatibles que d’autres et interagissent mieux avec la “clé” virale. L’homme fait bien entendu partie du lot, mais pas seulement. Les modélisations en 3D ont permis d’identifier des caractéristiques structurelles uniques aux récepteurs ACE2 de ces espèces sensibles. Sans ces caractéristiques, les animaux semblent immunisés contre la Covid-19. Leur protéine ACE2 n’interagit pas assez bien avec la protéine virale pour permettre l’infection par le virus.

Ces découvertes pourraient faciliter le développement de stratégies antivirales. Les chercheurs envisagent par exemple d’utiliser des “verrous” artificiels pour piéger le Sars-CoV-2 et l’empêcher d’interagir avec les récepteurs humains. Mais ces travaux pourraient également avoir un impact à plus grande échelle, en améliorant les modèles de surveillance des réservoirs animaux potentiels à partir desquels le virus pourrait passer à l’homme, ce qui permettrait à terme d’éviter de futures épidémies.