Des chercheurs américains ont mis au point un modèle qui permet de prédire si tel ou tel virus zoonotique présente un risque de transmission à l’homme, mais également de contamination interhumaine. Avec un taux de plus de 84 %, ce modèle prédit la transmissibilité interhumaine avec une grande précision. Il a permis d’identifier plusieurs virus animaux qui représentent une source potentielle de maladie infectieuse virale chez l’homme, voire qui sont susceptibles de se propager d’une personne à l’autre.

Les zoonoses virales émergentes constituent une menace majeure pour la santé humaine. Or l’élaboration d’une stratégie plus proactive de prévention des épidémies nécessite de nouveaux outils prédictifs. Une étude récente, publiée dans Plos One, montre que la transmissibilité interhumaine des virus zoonotiques peut être prédite avec un degré élevé de précision par des ensembles de modèles d’apprentissage automatique formés à partir des caractéristiques virales observées. Elle fournit ainsi des cibles potentielles plus fines pour la surveillance future des maladies et les travaux de recherche à venir.

Les nouveaux agents pathogènes émergents chez l’homme proviennent le plus souvent d’agents pathogènes déjà en circulation chez les animaux. Pour comprendre la manière dont les vecteurs et les virus interagissent avec leurs hôtes ou avec l’environnement, les chercheurs ont passé au crible 224 virus connus pour infecter l’homme, et ont notamment identifié les caractéristiques virales associées à la transmission interhumaine. Un modèle d’apprentissage automatique prédictif a été appliqué à ces données et a permis de différencier avec une précision de 84 % les virus transmissibles des virus non transmissibles. Appliqué à tous les virus humains (zoonotiques et non zoonotiques), le modèle a obtenu une précision encore plus élevée.

L’équipe a mis au jour plusieurs traits prédictifs chez ces virus qui se propagent chez l’homme. La détection du virus dans le foie, le système nerveux central et les voies respiratoires supérieures et inférieures était associée à une probabilité accrue de transmission interhumaine. De même, les zoonoses véhiculées par les singes étaient plus susceptibles d’être transmissibles entre humains que les autres virus zoonotiques retrouvés chez les rongeurs et les oiseaux notamment. L’absence d’enveloppe lipidique, la petite taille des particules virales et la segmentation limitée du génome étaient également associées à la transmissibilité humaine.

À l’aide du modèle principal, les virus ont été classés selon leur probabilité de transmission interhumaine. Sur les 85 virus humains dont on ne sait pas actuellement s’ils peuvent ou non circuler d’homme à homme, 47 ont affiché une probabilité élevée de transmission humaine secondaire : le Carnivore amdoparvovirus 1, le virus Hendra, le cardiovirus A, le Rosavirus A, les virus T-lymphotropiques humains HTLV-3 et HTLV-4, et le virus de l’immunodéficience simienne. Les futures études épidémiologiques sur ces agents pathogènes devraient désormais s’attacher à identifier une éventuelle transmission interhumaine, car la sous-déclaration des cas et les diagnostics erronés permettent souvent à ces virus de se propager sans être repérés.

La capacité de prédire quels virus sont capables de se propager chez l’homme et sont ainsi susceptibles de provoquer des épidémies humaines a des implications pratiques directes. Les services de santé publique pourraient en effet utiliser ce modèle comme un outil afin de prioriser la surveillance des maladies et de caractériser le risque épidémique que représentent les nouveaux agents pathogènes viraux.