Pour améliorer la prévention et le contrôle des maladies animales, la FAO fait désormais appel à la bioinformatique. L’objectif est d’explorer les génomes des agents pathogènes et de développer des outils de haute technologie pour mieux lutter contre les maladies infectieuses.

La Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) a désigné l’Institut suisse de bioinformatique (SIB) comme nouveau centre de référence en santé animale. Cette collaboration vise à élargir son accès aux technologies de pointe dans le cadre de la lutte contre les infections virales qui sévissent chez les animaux de rente et la faune sauvage, notamment la grippe aviaire et la fièvre aphteuse.

Les centres de référence, choisis pour leur excellence dans un domaine par la FAO, mettent à sa disposition leur expertise scientifique et technique, fournissent des services de diagnostic, de formation en laboratoire et sur le terrain, et coordonnent des études de recherche et de développement.

Un nouveau domaine de compétence

Le SIB, référence en matière de bioinformatique, offre ainsi des ordinateurs de haute performance, des logiciels, des bases de données et de connaissances utiles pour le dépistage et la surveillance des maladies zoonotiques. Ses experts ont développé des outils de détection précoce des affections et des systèmes d’alerte rapide lors de maladies transfrontières. Ils combinent des informations épidémiologiques et génétiques relatives aux zoonoses, ainsi que des analyses et des modélisations des risques d’émergence et de dispersion des agents pathogènes.

La bioinformatique, une des spécialités du SIB, est une science relativement récente qui se sert des technologies de l’information pour étudier des données biologiques. Elle est utilisée pour recueillir, traiter et analyser les informations sur les génomes des virus, bactéries et autres champignons qui provoquent des maladies chez leurs hôtes. Comparer les génomes permet en outre d’identifier le mode d’action des maladies au plan moléculaire. Des informations qui serviront ensuite à développer de nouveaux médicaments, à cibler les traitements et à rendre les molécules existantes pus efficaces.

Les nouvelles technologies sont ainsi amenées à améliorer la compréhension de la nature et de la dynamique des menaces biologiques. La FAO, en collaboration avec le SIB, propose donc aux vétérinaires, aux techniciens de laboratoire, aux médecins et aux chercheurs du monde entier une formation en ligne* sur la bioinformatique et les agents pathogènes viraux.

Des données connectées

Les bases de données du SIB alimentent le Global Animal Disease Information System (Empres-i) de la FAO, une application web conçue pour fournir aux services vétérinaires un accès rapide et fiable aux informations à jour sur la répartition des maladies animales, y compris les zoonoses émergentes, aux niveaux régional, national et mondial.

En particulier, les bases de données du SIB Viralzone (sur les virus),OpenFlu** (sur la grippe, déjà connectée à Empres-i) et OpenFMD (sur la fièvre aphteuse) fournissent des informations sur le génome des agents pathogènes, sur leur épidémiologie, leur évolution et leurs liens de parenté. L’objectif est d’aider les pays en développement à contribuer à enrichir les connaissances mondiales sur ces maladies et à évaluer les risques sur leur territoire. Gestion, partage et analyse des données épidémiogénétiques sont plus que jamais un enjeu mondial.

18 domaines d’expertise

La FAO prévoit de désigner une cinquantaine de centres de référence pour la santé animale et a identifié 18 domaines techniques pour lesquels une collaboration avec ces centres s’impose : l’épidémiologie vétérinaire, la biosécurité et le confinement des laboratoires, le contrôle de la qualité des médicaments et des vaccins, la santé de la faune sauvage, la santé publique vétérinaire, l’interface homme-animal-environnement, l’influenza animale et la maladie de Newcastle, la fièvre aphteuse et les autres maladies vésiculeuses, les morbillivirus, les mycoplasmoses des ruminants, les maladies à transmission vectorielle, les parasitoses du bétail, la brucellose, la tuberculose et la paratuberculose, les pestes porcines africaine et classique, la rage, les zoonoses parasitaires et virales.

* E-learning course on bioinformatics in animal viral pathogens, via le site internet dédié Viral Zone, demande à adresser à training@isb-sib.ch

** http://openflu.vital-it.ch/browse.php