En Europe, les épidémies d’influenza aviaire hautement pathogène qui sévit chez les oiseaux sauvages et les volailles d’élevage ne sont malheureusement plus rares. Un aperçu épidémiologique, écologique et évolutif des virus H5 permet aux chercheurs de mieux orienter leurs futures recherches et la surveillance des virus grippaux à l’origine de ces épidémies.

Depuis quinze ans, en Europe, les épidémies d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) se produisent de plus en plus fréquemment. En particulier, celles dues aux virus H5 dérivés de la lignée A/Goose/Guangdong/1/1996, qui ont émergé en Asie du Sud-Est en 1996, font rage.

Entre 2005 et 2020, au moins dix épisodes d’IAHP H5 ont été identifiés en Europe, entraînant des mortalités massives parmi les oiseaux sauvages et d’élevage. Dans un premier temps, et jusqu’en 2009, les virus H5N1 de clade 2.2 étaient particulièrement en cause, alors qu’à partir de 2014, les virus H5 de clade 2.3.4.4 ont dominé, avec de nombreux réassortiments génétiques donnant les sous-types H5N1, H5N2, H5N3, H5N4, H5N5, H5N6 et H5N8.

La majorité de ces événements épidémiques coïncident avec la migration aviaire automnale (sud-ouest/ouest) et les grandes concentrations d’oiseaux aquatiques pendant l’hivernage. En effet, les oiseaux aquatiques sauvages appartenant à l’ordre des ansériformes (principalement canards, oies, cygnes) et des charadriiformes (goélands, sternes, oiseaux de rivage) sont le réservoir naturel des virus de la grippe aviaire. À partir de ces derniers, les virus influenza peuvent être transmis directement ou indirectement aux oiseaux domestiques, ainsi qu’à d’autres animaux sauvages ou domestiques et à l’homme. Mais l’inverse est également vrai.

L’évolution et l’épidémiologie virales sont une conséquence des interactions entre les virus, leurs hôtes et leur environnement. L’interface sauvage-domestique est particulièrement favorable au basculement de l’influenza de faiblement à hautement pathogène. Les incursions récurrentes du virus H5 hautement pathogène soulèvent des questions sur les mécanismes de cette nouvelle émergence, notamment sur son origine, ses voies d’introduction en Europe et au sein des élevages.

De nombreux progrès dans la description de l’évolution et de l’épidémiologie du virus IAHP H5 (surtout en termes d’identification des espèces hôtes, des périodes d’infection, des habitats et zones géographiques associés à un risque accru d’introduction) ont été rendus possibles grâce à des collaborations entre virologues, ornithologues écologistes, pathologistes et mathématiciens. Ensemble, ils ont mis au point des tests de diagnostic plus rapides et spécifiques, issus de technologies fondées sur le séquençage génétique.

Ces avancées ont mis en évidence une grande diversité génétique virale au cours des différentes épidémies qui ont eu lieu depuis 2005. Cette variabilité, combinée à une sensibilité divergente aux souches, facilite le réassortiment abondant des segments génomiques et l’apparition de nouveaux variants. Sans oublier la croissance massive de l’industrie avicole à l’échelle mondiale, qui n’a fait qu’augmenter la circulation virale et par conséquent les répercussions de ces émergences.

Les épidémies d’IAHP H5 doivent donc être surveillées de près dans les années à venir, dès leur apparition en Europe. Les chercheurs recommandent l’intégration d’une surveillance passive des oiseaux sauvages et d’élevage, en plus de celle, active, des oiseaux sauvages, qui vise à détecter le virus chez les espèces cibles sur les sites prioritaires, le long des routes migratoires.

Aujourd’hui, l’intégration de l’écologie aviaire dans les paramètres de détection et de surveillance des nouveaux virus H5 est inévitable. Des programmes de surveillance à long terme permettront de mieux comprendre l’écologie, la prévalence et la diversité des virus pour mieux prévoir les incursions virales dans le temps et dans l’espace.

En fin de compte, c’est le moyen le plus rapide de relever le défi mondial “One Health” posé par l’influenza aviaire. Il faut mieux comprendre l’écologie et l’évolution de la grippe aviaire, tout en contrôlant efficacement la maladie chez les volailles afin de soutenir une production alimentaire sûre et durable, qui à son tour réduirait à la fois la menace pour la faune et le risque zoonotique pour l’homme à long terme.