Sacré animal de compagnie préféré des français en 2017, le chat fascine autant qu’il inspire. Avec quelque 14 millions de félins, l’hexagone est le deuxième pays d’Europe avec la plus large population féline. Et c’est autant de bouches à nourrir que de boules de poils à soigner. Une nouvelle pratique vétérinaire de précision émerge : la médecine génomique. Son intégration dans la pratique clinique aura un impact substantiel sur la santé des animaux de compagnie.

La génomique a fondamentalement bouleversé la conduite des recherches biomédicales et la prise en charge des patients humains. Capables d’identifier les prédispositions génétiques des individus, elle permet de mieux diagnostiquer mais aussi de traiter de manière plus efficace, avec moins d’effets secondaires et en amont les pathologies, et prévenir l’apparition de symptômes plus graves. Ses applications rapportées au monde animal pourraient considérablement améliorer la médecine vétérinaire.

Cependant pour des raisons techniques et financières, la médecine génomique tarde à intégrer les pratiques vétérinaires.

En effet, la médecine génomique dépend de connaissances avancées sur les variations génétiques intra espèce, de la possibilité de séquencer des génomes individuels dans un temps limité et à coût modéré, avant de pouvoir interpréter l’information génomique dans un contexte médical.

Avant que cette pratique devienne courante chez le chat, il faut donc renforcer en amont les connaissances sur les variants du génome félin, commes les variants nucléotidiques uniques (SNV) et les variants structurels (SV).

Cela représente un énorme challenge mais les connaissances dans ce domaine se sont récemment accélérées, notamment avec le développement de technologies de séquençage à haut débit.

Pour le moment, chez le chat, au moins 70 gènes ont été identifié hébergeant des variants d’ADN uniques et multiples associées à des maladies, telles que la cardiomyopathie, les dégénérescences rétiniennes et la polykystose rénale. Les manifestations génétiques et cliniques de la plupart des variantes connues sont décrites dans le document Online Mendelian Inheritance in Animals.

Mais les découvertes de la variation génique chez le chat sont limitées par un assemblage génomique fragmenté. Il manque un génome de référence complet et de haute qualité avec un détail de séquençage suffisant pour découvrir des allèles rares et interpréter les variants structurels complexes de la maladie féline. L’actuel contient plus de 300 000 trous, alors que les nouvelles technologies de cartographie génomiques ont été capables de créer des représentations génomiques bien plus complète pour de nombreuses autres espèces.

Des chercheurs se sont donc lancé dans l’assemblage de Felis_catus_9.0, une nouvelle référence du génome du chat domestique, à partir de longues séquences de lecture PacBio qui améliorent considérablement la représentation des séquences et la contiguïté de l’assemblage. Les séquences génomiques entières de 54 chats domestiques ont été alignées à la référence pour identifier les SNV et les SV.

De nombreuses mutations causales à l’origine de maladies, notamment des cancers, ont pu être identifiées de la sorte. Parmi celles-ci, un SV du gène de l’UGDH relié au nanisme félin mais pas humain, et qui pourrait donc renseigner des cas de nanisme non diagnostiqués chez l’humain.

Ce nouvel assemblage génomique de chat est une ressource puissante non seulement pour la découverte de nouveaux traits félins et humains, mais également pour la pratique future de la médecine génomique féline qui ne devrait pas tarder.