Rats et souris sont mondialement et historiquement connus pour être à l’origine de maladies mortelles pour l’humain et même pour d’autres espèces animales. Virus et bactéries ne sont pas les seuls agents pathogènes à prendre en considération. Des champignons qui colonisent les tissus pulmonaires des petits mammifères peuvent également provoquer de graves maladies zoonotiques.
Alors que nous vivons à une époque où une grande ville comme Paris refuse de réguler la population de rats, une nouvelle étude vient rappeler le danger d’une surpopulation de ces rongeurs pour la santé humaine. Cette fois-ci, cela concerne des agents pathogènes fongiques. Les résultats révèlent que ces petits mammifères seraient un réservoir important pour un large éventail de champignons commensaux des tissus pulmonaires.
Un séquençage génétique systématique de l’ARN fongique, isolé dans les tissus pulmonaires de 199 petits mammifères appartenant à 39 espèces, a mis en évidence la présence, à hauteur de 12 %, de champignons du genre Coccidioides à l’origine de la coccidioïdomycose ou fièvre de la vallée, endémique dans le sud-ouest des États-Unis. Une maladie fongique sous surveillance puisqu’elle est considérée comme émergente dans un contexte de changement climatique et de circulation mondialisée d’hommes, d’animaux et de marchandises. Au total, 85 % des échantillons hébergeaient des Blastomyces, des champignons responsables de la blastomycose, une maladie dont la répartition est principalement américaine, mais qui est aussi présente en Afrique et au Moyen-Orient. Ils infectent également nos animaux de compagnie. De même, 83 % des échantillons renfermaient des Pneumocystis, agents de la pneumocystose qui affecte notamment les patients immunodéprimés.
Si plusieurs des champignons identifiés entrent dans la composition du mycobiome pulmonaire sans provoquer de perturbation chez leur hôte, les résultats de cette étude pointent tout de même le risque d’une éventuelle modification de la relation commensale avec l’animal hôte, allant jusqu’à favoriser un état pathogène. Selon les estimations, entre 500 000 et 100 000 spores fongiques sont inhalées par les poumons humains chaque jour. De quoi inciter à considérer les petits rongeurs comme de vrais réservoirs potentiels d’agents pathogènes fongiques émergents, capables d’induire des infections opportunistes.
