L’influenza aviaire est essentiellement sous surveillance dans les élevages et chez les oiseaux sauvages. Un mémoire soutenu à l’université Dalhousie, au Canada, propose de suivre la circulation des virus influenza A directement dans les eaux de surface. L’étude compare une méthode de prélèvement passif à la technique de filtration de référence de l’Agence américaine de protection de l’environnement (US EPA).

L’approche repose sur une idée simple. Les oiseaux d’eau, réservoirs majeurs de l’influenza aviaire, disséminent le virus dans leur environnement. Lacs, rivières et zones humides constituent alors des carrefours où se croisent faune sauvage, activités humaines et élevages. Surveiller ces milieux, c’est tenter de capter un signal en amont des foyers visibles.

Plutôt que de prélever ponctuellement de grands volumes d’eau, l’étude teste des capteurs passifs à base de charbon granulaire, immergés plusieurs jours puis analysés par RT-qPCR. Cette méthode de PCR quantitative après transcription inverse permet de mesurer la contamination dans le temps, face à des concentrations virales qui peuvent fluctuer fortement. Trois cibles ont été recherchées : influenza A, un marqueur H5, et le virus de la marbrure légère du piment (PMMoV), un marqueur fécal humain utilisé comme indicateur de la contamination de l’eau d’origine humaine.

Déployés sur quatre lacs et une rivière de Nouvelle-Écosse, les capteurs ont révélé des concentrations virales variables, mais cohérentes avec la présence d’oiseaux d’eau et la période de migration. La présence du virus H5 a été détectée à un niveau élevé, parfois là où la méthode de filtration standard était négative. À l’inverse, certains marqueurs étaient mieux captés par la filtration que par le prélèvement passif.

La leçon à tirer de cette étude est moins technologique que stratégique. La surveillance environnementale ne remplace pas les dispositifs vétérinaires classiques, mais elle peut les compléter, en documentant la circulation virale avant l’apparition de cas cliniques. Encore faut-il harmoniser les protocoles et relier ces signaux moléculaires aux dynamiques sanitaires réelles. Cette recherche rappelle que le virus circule aussi hors des radars habituels. Dans l’eau, silencieusement, il laisse parfois des traces qui méritent d’être mesurées.