Après trois ans de circulation de l’influenza aviaire et des centaines de millions de volailles abattues, une question revient sans cesse : quelle est l’origine principale de ces épizooties ? Des travaux publiés cet automne apportent des réponses.

Des basses-cours sentinelles

En croisant l’analyse de plus de 1 800 génomes viraux avec les voies de migration Atlantique et Pacifique, une équipe internationale montre que l’épizootie nord-américaine de grippe aviaire à H5N1 a été alimentée à plusieurs reprises par une diffusion rapide chez les oiseaux sauvages, puis propagée au rythme des migrations. Les élevages apparaissent comme les « récepteurs » d’une pression virale persistante dans l’avifaune sauvage. L’étude révèle également que les cas décelés dans les basses-cours apparaissent en moyenne neuf jours plus tôt que ceux identifiés dans les élevages commerciaux. Cela signifie notamment que les basses-cours doivent être davantage prises en compte, car elles peuvent être des sentinelles à l’origine de signaux d’alerte précoces.

Des introductions multiples

Une autre étude confirme le rôle de l’avifaune dans l’épizootie de grippe aviaire. L’analyse phylodynamique de 2 955 génomes viraux montre une diversification importante des virus A (H5N1) par réassortiment avec des virus de la grippe aviaire faiblement pathogènes. Les résultats révèlent des remplacements répétés de souches ancestrales par leurs descendants directs, issues de réassortiments avec des virus circulant déjà dans la faune sauvage, témoignant d’une augmentation cumulative de la capacité de réplication virale. La modélisation spatio-temporelle a permis d’identifier des zones géographiques critiques qui facilitent la propagation transcontinentale, et a démontré une dynamique d’hôte spécifique au génotype. Le scénario est cohérent avec la phénologie de migration des Anatidés (oies, cygnes, canards, etc.) et des charadriiformes (huîtriers, pluviers, bécasses, échasses, etc.). Les foyers en élevage reflètent davantage une pression “venue du ciel” qu’une diffusion élevée d’élevage à élevage.

Une pression virale très élevée

Entre mars 2024 et juin 2025, de nouveaux génotypes du virus de la grippe aviaire hautement pathogène à H5N1 (clade 2.3.4.4b) ont été identifiés outre-Atlantique. Ils ont provoqué des épidémies sans précédent, affectant des élevages de volailles et des exploitations de bovins laitiers, mais aussi des infections humaines. Les États-Unis ont recensé 13 225 oiseaux sauvages positifs, 175 millions de volailles touchées et 1 075 troupeaux laitiers affectés dans 17 États. La transmission des oiseaux sauvages aux volaille (génotype D1.1) et des oiseaux sauvages aux bovins (B3.13 et D1.1) mettent à rude épreuve le système de surveillance sanitaire : le risque zoonotique est considéré comme faible pour la population, mais une vigilance renforcée s’impose pour les professionnels exposés. Les données convergent avec l’épizootie de 2021-2025 initiée par les oiseaux migrateurs vers les élevages domestiques, puis s’auto-alimentant via des transmissions locales ponctuelles.