Une étude révèle que le variant Alpha du Sars-CoV-2, disparu chez les humains depuis plus d’un an, circule encore activement chez les cerfs de Virginie dans l’Ohio, aux États-Unis. Un constat qui confirme que ces animaux pourraient devenir un véritable réservoir de variants anciens et en accélérer l’évolution.

Entre janvier et mars 2023, des chercheurs de l’Ohio State University ont analysé les prélèvements de 519 cerfs abattus dans le cadre de programmes de gestion de la faune. Résultat : plus de 12 % des échantillons étaient positifs au coronavirus Sars-CoV-2 ! La surprise vient surtout de la découverte de cinq cas confirmés du variant Alpha, alors qu’il n’avait plus été détecté chez l’humain dans l’Ohio depuis août 2021. Ces cas, issus d’un même site et prélevés le même jour (janvier 2023), montrent une persistance virale de plus d’un an et demi après la disparition du variant chez l’humain.

Des cerfs porteurs de plusieurs variants

Les chercheurs ont aussi identifié 31 séquences correspondant à des sous-variants d’Omicron en circulation à l’époque chez l’humain. Des clusters phylogénétiques entre des régions distantes de 10 km suggèrent une transmission entre cerfs, indépendamment des contacts humains. Ce sont donc deux dynamiques qui coexistent au sein de la faune sauvage : la persistance de variants anciens comme Alpha et l’arrivée de variants récents via de nouveaux épisodes de transmission homme-animal.

Des mutations adaptatives chez le cerf

Les scientifiques ont observé une accélération du rythme évolutif du virus chez les cerfs. Les mutations y sont deux fois plus rapides que chez les humains. Si la plupart sont neutres, certaines apparaissent à répétition dans la protéine Spike. Des mutations pourraient être associées à des mécanismes d’échappement immunitaire, bien que leur impact fonctionnel reste à clarifier.

Une transmission entre États et espèces

Grâce à l’analyse de données, les chercheurs ont identifié au moins trois introductions indépendantes du variant Alpha chez les cerfs en Ohio, une transmission probable de cerf à cerf entre la Pennsylvanie et l’Ohio, et des liens génétiques distincts de ceux observés chez les patients humains chroniquement infectés, ce qui a permis d’écarter cette hypothèse. Les auteurs soulignent aussi que le Sars-CoV-2 circule activement chez les cerfs de Virginie dans plusieurs États américains (New York, Illinois, Virginie…), voire chez d’autres espèces comme les visons.

Un risque zoonotique

Bien qu’aucun cas direct de transmission du cerf vers l’humain n’ait été documenté dans l’Ohio, un épisode suspect a été observé au Canada en 2022. Cela soulève une question préoccupante : que se passe-t-il si ces variants “oubliés” chez l’humain reviennent par l’animal ? « Si le Sars-CoV-2 devient endémique chez le cerf, il pourrait non seulement persister, mais aussi évoluer de façon indépendante, alertent les auteurs. Cela pourrait conduire à l’émergence de variants adaptés à la faune sauvage, avec un risque zoonotique de réémergence chez l’humain. »

Une surveillance vétérinaire et environnementale indispensable

L’étude plaide pour une surveillance systématique du Sars-CoV-2 chez les cervidés sauvages ainsi que pour le développement d’études expérimentales sur les modes de transmission (aérosols, sols contaminés) et des campagnes de sérosurveillance multiespèces sur le territoire nord-américain pour détecter la présence d’anticorps.

Le cerf de Virginie, déjà touché par la maladie débilitante chronique, est une nouvelle fois au cœur de préoccupations sanitaires.