Depuis le début de la pandémie de Covid-19, le cerf de Virginie attire l’attention des scientifiques qui voient en lui un acteur majeur de la diffusion du coronavirus dans le monde. Des études parues cet été confirment son rôle dans les mutations génétiques du virus, tandis que la contamination de nouvelles populations de cervidés européens inquiète.
Une étude publiée le 10 juillet dernier dans Nature valide le fait que si les Américains ont transmis le virus de la Covid-19 aux cerfs sauvages des centaines de fois, il en est de même dans l’autre sens. Les humains ont également contracté le coronavirus Sars-CoV-2 via le cerf, voire ont propagé les mutations acquises au moins à trois reprises.
Les scientifiques ont ainsi pu retracer la circulation des variants du coronavirus au sein des populations de cerfs de Virginie. Grâce à l’analyse de 8 830 échantillons nasopharyngés prélevés chez cette espèce, des contaminations zoonotiques de l’humain au cerf, entre cerfs, et du cerf à l’humain ont été constatées, sur un total de 944 échantillons positifs. Plusieurs souches virales semblent également encore muter, notamment les variants alpha, gamma, delta et omicron responsables de nombreux décès au début de la pandémie chez l’humain, alors même que le variant oméga les a “étouffés”. Cela signifie donc que les nouveaux variants introduits chez le cerf par l’humain continuent de persister et d’évoluer chez cet animal, même après leur déclin dans la population humaine.
Cela n’est pas une bonne nouvelle, d’autant qu’il a été mis en évidence que trois mutations ont suivi un schéma de propagation de l’humain au cerf, et du cerf à l’humain une fois le virus muté. Au-delà des trois cas de transmission du cerf vers l’humain identifiés, ces souches ont été découvertes chez les lions d’un parc zoologique américain, alors que les trois patients infectés n’ont eu aucun contact avec des cerfs ou avec les lions captifs. Cette étude souligne en outre l’inquiétude des scientifiques de voir la manière dont le coronavirus pourrait infecter les animaux au fur et à mesure de sa circulation entre l’humain et la faune sauvage.
Le coronavirus de la Covid évolue trois fois plus vite chez le cerf que chez l’humain
Selon une nouvelle étude publiée dans Nature le 28 août dernier, les mutations du virus sont trois fois plus rapides chez les cervidés. L’étude s’est concentrée sur les populations de cerfs de Virginie dans l’Ohio. Les scientifiques ont prélevé 1 522 écouvillons nasaux chez les cerfs de 83 des 88 comtés de l’État entre novembre 2021 et mars 2022. Plus de 10 % des échantillons étaient positifs au virus Sars-CoV-2. Les scientifiques ont détecté au moins un cas positif dans plus de la moitié des comtés échantillonnés.
L’analyse génomique a révélé qu’au moins 30 infections par le variant delta chez le cerf étaient d’origine humaine, sans que l’on comprenne comment l’humain a infecté ces animaux sauvages. La fréquence des contaminations entre humains et cerfs observées dans l’Ohio, et plus globalement en Amérique du Nord, est cohérente avec un accroissement de la transmission interespèces du Sars-CoV-2 qui se produit en outre beaucoup plus fréquemment que prévu. La nouvelle étude confirme également le rôle d’hôte sauvage du cerf de Virginie, impliqué dans la propagation du virus, ses mutations et sa retransmission possible à l’humain. Cela signifie également que le virus pourrait affecter d’autres espèces sauvages et même le bétail.
L’étude montre aussi qu’environ 23,5 % des cerfs de l’Ohio auraient été infectés et que le virus s’est propagé dans cette population animale pendant huit mois et sur des centaines de kilomètres. Le séquençage génétique a révélé 80 séquences représentant des groupes de nouveaux variants viraux. La plupart des virus séquencés (88,8 %) appartenaient au variant delta. Une observation rejoint les conclusions de l’étude de juillet : la souche delta prédominante chez le cerf, qui correspond au variant dominant circulant chez l’homme à l’époque de l’étude, suggère que le cerf de Virginie est bel et bien un réservoir pour le Sars-CoV-2 et qu’il favorise les mutations et la circulation virale.
Coronavirus: un premier troupeau de daims européens séropositif en Irlande
Cet été encore, une publication a confirmé la contamination par le Sars-CoV-2 d’un troupeau de daims dans un parc de Dublin, très probablement infecté à la suite des nombreuses interactions avec les 10 millions de visiteurs annuels du plus grand parc urbain d’Europe, où la population de ces animaux avoisine 600 individus.
Si le mode de contamination n’est pas élucidé, il apporte en revanche la preuve que les cervidés européens sont sensibles à l’infection par le coronavirus, ce qui est inquiétant vu le rôle joué par le cerf de Virginie aux États-Unis dans la propagation et les mutations du virus.
Les résultats de cette étude incitent à déployer une surveillance accrue de la circulation des virus dans la faune sauvage, en lien avec les interactions avec l’humain, car ils témoignent de l’expansion de variants viraux préoccupants dans de nouveaux réservoirs animaux.
