Avec la domestication des espèces animales, de nombreux changements liés au mode de vie sont intervenus, liés à l’alimentation, à l’environnement et aux interactions sociales. Des facteurs qui ont inévitablement façonné le microbiote intestinal. D’après une étude de l’université de Harvard, la domestication et l’industrialisation, bien qu’il s’agisse de processus fondamentalement différents, ont eu un impact similaire sur le microbiote, tant des animaux que des hommes, probablement par le biais de changements écologiques partagés.
L’industrialisation et la domestication des espèces ont provoqué de profonds changements intrinsèques au mode de vie des animaux et des hommes. L’environnement et l’alimentation se sont modifiés, les interactions sociales ont été bousculées. Ces transformations ont eu de nombreuses conséquences, dont le bouleversement du microbiote intestinal. Les microorganismes qui le composent participent activement à de nombreuses fonctions corporelles dont la digestion, le métabolisme et l’immunité. Aujourd’hui considéré comme un élément clé de l’organisme, le microbiote intestinal joue un rôle décisif en santé humaine.
Si la composition du microbiote intestinal est propre à chaque individu et évolue tout au long de la vie, son équilibre est essentiel pour la santé. De nombreuses bactéries sont considérées comme bénéfiques, mais d’autres au contraire se révèlent nocives. Une grande partie de notre compréhension actuelle du microbiote intestinal provient d’études chez l’animal, notamment chez la souris domestique qui possède des bactéries intestinales très différentes de celles de ses congénères sauvages. Les raisons de cette différence ne sont pas connues : elle peut être due à la domestication elle-même, au mode de vie associé ou à une tout autre origine.
Des études précédentes s’étaient déjà penchées sur l’étude de couples d’animaux sauvages/domestiques, comme le porc et le sanglier ou le chien et le loup. Mais les travaux sur des couples isolés ne permettent pas de distinguer les facteurs responsables de la modification du microbiote des animaux domestiques en général. Des chercheurs de l’université de Harvard ont donc séquencé et comparé l’ADN microbien dans les matières fécales de dix-huit espèces apparentées de mammifères domestiques/sauvages. Il en ressort que l’effet de la domestication est universel. Quitter l’état sauvage naturel change le microbiote intestinal de manière analogue, quelle que soit l’espèce animale concernée.
L’alimentation serait en grande partie responsable de ces changements. En échangeant les régimes alimentaires des couples domestiqués/sauvages, il est possible d’inverser les populations de bactéries intestinales. Le microbiote des espèces domestiquées ressemble davantage à celui de leurs homologues sauvages, et vice versa. Et cela marche aussi pour les hommes et les chimpanzés. Les communautés microbiennes intestinales des individus issus de populations industrialisées ont plus de points communs avec celles d’animaux domestiques que les microorganismes retrouvés chez l’homme ou les chimpanzés issus de populations non industrialisées. L’industrialisation et la domestication, bien que des événements fondamentalement différents, auraient donc eu des effets similaires sur le microbiote intestinal, probablement par le biais de changements écologiques et environnementaux partagés.
Compte tenu de ce parallèle entre la domestication et l’industrialisation, les connaissances acquises à partir de paires d’animaux domestiques/sauvages pourraient éclairer la recherche sur le microbiote intestinal humain. Elles mettent en lumière à la fois l’utilité et les limites des modèles animaux domestiques, qui mériteraient d’être complétés par des travaux sur les animaux sauvages afin d’étudier la coévolution entre hôte et population microbienne, avec à la clé de potentiels bénéfices pour la santé et le bien-être des animaux et des hommes.